Вырезанные * Грех — это зомбированная группа сталкеров. Когда-то члены этой группировки были религиозными фанатиками, которые верили в божественную сущность Зоны, в последнее искупление человечества. Конфликт со всеми группами. Атакуют любых сталкеров. Сталкеры одеты в тёмные плащи с сильно надвинутыми капюшонами, так что не видно лица. База должна была располагаться на Армейских Складах.
* «Чистое Небо» — своеобразные сталкеры-экологи. Прообраз — вырезанная группировка «Искатели». Изучают зону, ищут метод излечить мир от этой язвы. Ко всем группировкам относятся нейтрально (возвращены в приквеле, однако основные цели группы, похоже, изменились).
* «Последний день» — точной информации нет, но от Бармена можно узнать, что сталкер Призрак убил лидера этой «отмороженной группировки». Известно, что единственным намёком на эту группировку является Сумасшедший сталкер, который сидит в домике на болоте на Армейских Складах, возле базы Свободы.
* «Черные слизни» — бандитские группы, которых можно встретить только в «предбаннике» Зоны. Одеты в чёрный плащ и камуфляж. По слухам, именно они являются прообразом «Ренегатов» из Чистого неба. Возвращены в некоторых модификациях.
* «Искатели» — группировка сталкеров-экологов. База клана, по слухам, должна находиться в вырезанной разработкиками локации «Кишка Зоны». Текстуры NPC этой группировки сохранились в ресурсах игры.