В финальной версии игры было вырезано несколько локаций, которые планировали включить в игру.[12] Это:

* Фабрика на Кордоне. Старая фабрика на Кордоне. Располагалась там, где в финальной игре находится АТП. Некоторые части этой фабрики находятся в ТЧ на Дикой Территории. Частично остался в мультиплеере на карте «Завод „Янтарь“»
* Кишка Зоны (другие названия — Даркскейп, Темная Лощина). Вырезан из игры, хотя очертания на карте Зоны присутствуют. Достоверной информации нет, но по слухам именно там должна была располагаться база вырезанной из игры группировки «Искатели». На сохранившемся загрузочном экране видно главную достопримечательность локации — полуразрушенный мост. Этот мост можно разглядеть на общей карте Зоны правее Кордона. Немного покопавшись, можно было узнать, что там были скриптовые сцены с кровососами, герой ехал через неё на машине, за героем гнался военный вертолёт из Тёмной Долины, и там были бандиты. Никаких достоверных и официальных видео и скриншотов этой локации никогда не было предоставлено в сеть.
* Покинутая деревня (другие названия — Затеряная деревня, Собачья деревня). Локация восточнее Кордона и южнее Тёмной долины, Представляет небольшую деревню, разделённую глубоким разломом. В загрузочном экране ясно разгадываются дома, ранее находившиеся на Кордоне старой версии.
* Мёртвый Город. Из игры вырезан, в «Чистом Небе» его прототип как заброшенного города — Лиманск (хотя МГ и остался на карте). Ресурсы Мёртвого Города были использованы в Лиманске (например, фонтан недалеко от центра МГ имеется и в Лиманске). Очертания на карте Зоны присутствуют. Довольно маленький городок к западу от Военных Складов, в нём жили энергетики, не имевшие дома в Припяти и Чернобыле. Понятно, Мёртвый Город вымышлен. По задумке разработчиков, там должны были находиться базы бандитов и наёмников. Играбелен в билде 1935, где показывает себя во всей красе, хоть и чаще всех других локаций вылетает. В МГ есть канализация, по которой игрок должен был удирать от наёмников с их базы.
* Болота. Вырезаны из игры, возвращены в «Чистом Небе», но уже в другом виде. На карте можно найти очертания (ниже «Агропрома» или около Мертвого Города). Огромный массив непролазных топей. Играбельны в билде 1935, где представляют ненаселенную локацию, затопленную водой, кое-где на которой остались следы цивилизации. Посередине локации её пересекает от начала до конца автомобильное шоссе из Мертвого Города. Так же там должен был располагаться некий завод.
* Подземелья Припяти. По некоторым источникам в планы разработчиков входило создание огромной подземной локации, соединяющей все лаборатории и объекты в одно целое. Таким образом, например, из X-18 можно было попасть на ЧАЭС. Яростно охраняются «Монолитом». В сторону правдивости говорит наличие множество дорог в никуда и кодовых дверей на верхних уровнях игры, а также разработка этой локации в приквеле «Чистое Небо». Подземелья будут возвращены в «Зове Припяти»
* Генераторы. Небольшая локация севернее ЧАЭС, по сути является наиважнейшей, поскольку Второй взрыв произошёл там. Об этом говорит статья в ПДА о происхождении Зоны: «С помощью спутников удалось выяснить, что эпицентр взрыва находился не у блоков самой АЭС, а в километре от них». Центральная часть занята сооружением, состоящим из выстроенных кругом шаров (генераторов) и находящейся в центре антенны. Около каждого шара находится участок вспученной земли. Местность покрыта мертвым лесом, присутствуют болота. В недалеке от установки находится военнаая база с подземным ходом наружу. Также присутствует небольшая деревня. В оригинальной версии генераторы помещены на локацию ЧАЭС, так как при этом АЭС становится ключевым объектом игры. Зачастую ошибочно приравнивается к локации Darkscape.
* Свалка. Старая версия Свалки, очень сильно отличающаяся от самой себя в финальной версии. В несколько раз больше оригинала.
* Военная лаборатория (Лаборатория X-17). Подземная лаборатория-бункер — по сути, должна была являться базой О-Сознания, которая в финальной версии находится на ЧАЭС, располагалась на локации Генераторы. Вырезана из игры, но присутствует в некоторых файлах в папке gamedata как warlab. Играбельна в билде 1935. Некоторые части лаборатории присутствуют в финальной версии игры, на Тёмной долине, Лабораториях X-18, X-10 и X-16.
* Янтарь. Изначально выглядел совсем иначе, нежели в релизе. В своем истинном виде присутствует в билде 1935. Здесь нет болота и завода с зомби, зато вместо этого довольно большая деревушка, отдаленно напоминающая деревню кровососов на Военных складах. Также здесь вместо мобильного бункера Сахарова огромный научный комплекс со спутниковыми тарелками.