«Ренегаты» Немногочисленная группировка, состоящая исключительно из самых презренных личностей Зоны. Бандиты, мародеры, предатели и рецидивисты — бывшие члены других группировок, изменившие и предавшие свои взгляды. Этот сброд не имеет организованной структуры и лидера как такового. Сбиваясь в небольшие группы, охотятся за лёгкой добычей, промышляя убийствами и грабежами, как правило, молодых и неопытных сталкеров. Чаще всего встречаются вдоль периметра аномальной зоны отчуждения. Ренегаты — это самые аморальные сталкеры, которые настолько провинились перед своей группировкой, что их выгнали и ни под каким предлогом не принимают обратно. У них нет ни этики, ни морали, ни законов. Их терпеть не могут все сталкеры, даже бандиты, которые тоже не особо щепетильны в плане морали, но даже они считают, что Ренегаты живут «не по понятиям». Их загнали в самую глубь Зоны — на болота, но даже и там не оставляли попыток уничтожить, что в конце концов обернулось успехом. Вступить в группировку нельзя.

"Свобода"
Группировка сталкеров-анархистов, они считают, что Зона должна быть свободна и в ней не должно быть военных. Но они не хотят истреблять Зону, наоборот — сохранить и обжить. Главный враг — «Долг». Главная база находится в Тёмной долине. За полную победу над «долговцами» дают облегченный «Экзоскелет „Свободы“». Лидер группировки — Чехов. Техник «Свободы» специализируется, в основном, на улучшении снайперских винтовок, а также автоматов и легкой брони. В группировку можно вступить.
"Долг"
Полувоенная группировка сталкеров, считающая своим долгом уничтожить Зону и защитить мир от её наступления. Название происходит от простой логики — «Если не мы, то кто? Это наш долг». Основной враг — «Свобода». Лидер группировки — Генерал Крылов. Находятся на локации НИИ Агропром (основная база). После прохождения ряда основных заданий, в частности, добычи артефакта «Компас», занимают бункер бывшей базы «Ренегатов» в Рыжем Лесу. Вскоре там появляется торговец. Также их группы разбросаны на Милитари и в Лиманске. Техник улучшает всё (включая тяжелые автоматы и экзоскелет), кроме снайперских винтовок (однако улучшает ВСС «Винторез»). В группировку можно вступить.
"Сталкеры"
Сталкеры и одиночки, сбивающиеся в небольшие группы, а иногда и вовсе поодиночке. Ищут хабар, достают артефакты. Основной враг — бандиты. В игре имеют две основные базы — на Кордоне и близ НИИ «Агропром», но встречаются везде — от Кордона до Лиманска, в том числе и на Янтаре. Лидер группировки — Отец Валерьян, на Кордоне. Техники (их трое, по одному на каждой базе и один на Барахолке) улучшают легкую броню, пистолеты, легкие автоматы и ружья. Можно вступить. Отношение этой группировки к главному игроку влияет даже на отношения между последним и всеми «сталкерами-одиночками», включая и Стрелка. За победу над бандитами игрок получает артефакт «Пузырь», костюм СЕВА и детектор «Велес». Можно вступить.
Бандиты
Криминальная численная, но малоразвитая (как в отношении снаряжения, так и интеллектуально) группировка, которая борется сама за себя. Занимаются грабежом (в основном сталкеров-одиночек). Слушают шансон. Нейтральны только к «Свободе». (хотя «Свобода» продвигается на Свалке, чтобы вследствие захватить базу «Долга». Естественно, в борьбе за опорные точки на Свалке «Свобода» сражается с бандитами). База находится на Свалке, но встречаются во многих других местах (на Кордоне, НИИ «Агропром», в Рыжем лесу и даже в Лиманске). Лидер группировки — Йога. Техник занимается улучшением оружия и брони только легкого типа (но только он может встроить в броню защиту от пси-излучения). Можно вступить, если до этого момента оставаться нейтральным к ним, то есть никого из их группировки не убивать (что достаточно сложно). К тому же, если убежать от «поборщиков», не заплатив, или не опустить автомат, то те сразу же станут врагами главного героя.
Наёмники
Таинственная группировка, в которую некоторые не верят. Главная задача — выполнять любые задания, которые им дадут выполнить, как правило — кого-то убить. Их база находится, скорее всего, за границами Зоны. Выполняют заказы через посредников. Отношение к главному герою изначально благоприятное (в отличие от S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля), так как сам игрок — наёмник, вне зависимости от группировки, в которую он вступит. В ПДА как отдельная группировка не отмечаются.